Eine andere Chia-PET bietet Einblick in die Prostata-Krebs
UT Southwestern Forscher haben festgestellt, große Netze der kleine Teile des Genoms, die miteinander interagieren und mit den Genen zu fördern Prostatakrebs. Ihre Ergebnisse, veröffentlicht 22. Juni im Journal of Clinical Investigation, könnte neue Wege zur Behandlung der häufigsten Art von Krebserkrankung bei amerikanischen Männern, andere als Hautkrebs.
Die Forschung der vergangenen Jahrzehnte hat gezeigt, dass genetische Mutationen auslösen und fördern das Wachstum und die Ausbreitung von vielen Krebsarten. Allerdings Prostatakrebs haben in der Regel relativ wenige dieser Mutationen, erklärt Studienleiter Ram S. Mani, Ph. D., assistant professor in den Abteilungen der Pathologie und Urologie an der UTSW.
Statt, wie Prostata-Krebs zu regulieren gen-expression—welche Gene werden an-und ausgeschaltet, und inwieweit Sie dazu neigt, schief zu gehen. Was sind die Ursachen dieser aberrante Genregulation hat ein Geheimnis gewesen. Obwohl in der bisherigen Forschung identifizierten DNA-Stücke während des gesamten Genoms, erschienen angeschlossen werden, um Prostatakrebs, viele dieser Stücke waren nicht die Gene, also Ihre Rolle ist unklar.
Zu helfen, diese Fragen zu beantworten, Mani und seine Kollegen konzentrierten sich auf genetische Geschmacksverstärker, kurze DNA-Stücke, die helfen sollen, die Gene, Proteine zu bilden. Allerdings, erklärt Mani, es ist nicht so einfach, als ein eins-zu-eins-Verhältnis von enhancer pro gen Ziel. Ein enhancer kann Ziel mehrerer Gene oder mehrere Enhancer kann Ziel eines einzelnen Gens. Darüber hinaus ist jedes enhancer könnte bis zu einer million Basenpaare entfernt von der gen-Gegner auf dem gleichen Chromosom—eine deutliche Distanz, die es schwer macht, link-Enhancer mit Ihren Genen.
Paar-Enhancer, um Ihre gen-targets in Prostata-Krebs, Mani und sein team verwendet eine Technik namens ChIA-PET, kurz für chromatin-Interaktion Analyse von paired-end-tag-Sequenzierung. Diese Technik ordnet die Assoziationen von bestimmten Proteinen mit der DNA im gesamten Genom.
Die Forscher verwendeten ChIA-PET zu finden, die DNA gezielt durch ein protein namens RNA-polymerase II, der Suche nach unterschieden zwischen gutartigen Zellen der Prostata und Prostata-Krebs-Zellen. RNA-polymerase II bindet nicht nur um die Gene, um zu beginnen Transkription—der Prozess, in dem Zellen verwenden Sie die Anweisungen in der DNA für RNA—, sondern auch Enhancer für diese Gene. „Wenn diese Technik kennzeichnet ein gen, Sie zeigt auch all die Verstärker, die Ziel-gen zur gleichen Zeit“, sagt Mani, ein Mitglied der UT Southwestern ist Harold C. Simmons Comprehensive Cancer Center.
Mit ausgeklügelten Analyseverfahren, die die Wissenschaftler aussortiert, jedes von diesen komplizierten Wechselwirkungen einzigartige Prostata-Krebs-Zellen, finden, große hubs Enhancer, dass die Interaktion nicht nur mit Genen, sondern auch mit jedem anderen. Sie fanden heraus, dass viele Enhancer interagiert mit zig anderen Enhancer oder Gene. Diese Wechselwirkungen erklären, die abnormale expression mehrerer Schlüssel Prostata-Krebs-Gene, wie das androgen-rezeptor-gen, das über-ausgedrückt in viele Subtypen von Prostata-Krebs und das Onkogen MYC, das spielt eine Rolle bei vielen Krebsarten. Weitere Untersuchungen genannt, die „Grammatik-Regeln“ für Potenzmittel Prostatakrebs, die Gruppierung der Gene und Enhancer in Clustern, die streng miteinander interagieren.
Mani stellt fest, dass zu finden, diese Naben von Potenzmittel und Ihre Gene auch hilft zu erklären, die langjährige Geheimnis der kurze DNA-Stücke verbunden mit Prostatakrebs, die verstreut im ganzen Genom. Diese neue Forschung schlägt vor, dass viele dieser Stücke sind Geschmacksverstärker.