Coronavirus-Nachweis mittels CRISPR-Cas13: Open-access-SHERLOCK Forschung-Protokoll

Die letzten coronavirus (COVID-19) Ausbruch bringt enorme Herausforderungen für die Globale Gesundheit. Zur Unterstützung der globalen Bemühungen, Broad Institute des MIT und Harvard, die McGovern-Institut für Gehirn-Forschung an MIT, und unsere partner Institutionen verpflichtet haben, die frei die Bereitstellung von Informationen, die hilfreich sein können, einschließlich durch den Austausch von Informationen, die Sie möglicherweise in der Lage, zur Unterstützung der Entwicklung der Potenzial-Diagnose.

Als Teil dieser Bemühungen, Feng Zhang, Omar Abudayyeh, und Jonathan Gootenberg entwickelt haben, ein Forschung-Protokoll, anwendbar auf die gereinigte RNA, das kann informieren Sie über die Entwicklung des CRISPR-basierte Diagnostik für COVID-19.

Diese erste recherche-Protokoll ist kein diagnostischer test und wurde nicht getestet auf Patienten-Proben. Alle diagnostischen müsste entwickelt und validiert für die klinische Anwendung und befolgen Sie alle lokalen Vorschriften und best practices.

Die recherche-Protokoll bietet die grundlegenden Rahmenbedingungen für den Aufbau einer SHERLOCK-basierte COVID-19-test mit Papierstreifen.

Das team begrüßt den Forschern, Sie zu Kontaktieren, um Hilfe oder Anleitung und ein starter-kit zu testen, weil dieses system zur Verfügung, für Forscher mit COVID-19 Proben.

Die SHERLOCK-Protokoll

Die CRISPR-Cas13-basierte SHERLOCK system wurde zuvor gezeigt, genau zu erfassen die Anwesenheit einer Anzahl von verschiedenen Viren in patientenproben. Das system sucht für einzigartige Nukleinsäure-Signaturen und nutzt einen Teststreifen, der ähnlich wie ein Schwangerschaftstest, um eine visuelle Anzeige. Nach eintauchen in einen Papier-Streifen in einer vorbereiteten Probe, erscheint eine Linie auf dem Papier, um anzuzeigen, ob das virus vorhanden ist.

Die Verwendung von synthetischen COVID-19-RNA-Fragmente, die das team entwickelt und getestet, zwei RNA-Führer, die erkennen, zwei Unterschriften von COVID-19. In Kombination mit der Cas13 protein, bilden diese eine SHERLOCK-system in der Lage, die Anwesenheit von COVID-19 virale RNA.

Das Forschungs-Protokoll umfasst drei Schritte. Es kann verwendet werden, mit den gleichen RNA-Proben, die extrahiert wurden für die aktuelle qPCR-tests:

Weitere Angaben, die Forscher und Laboratorien Folgen können (inklusive guide RNA-Sequenzen), kann in der gefunden werden .pdf-Protokoll zur Verfügung, das hier vorgelegt worden bioRxiv. Das Protokoll wird aktualisiert, während das team weiter Experimente parallel und in Partnerschaft mit denen, die um die Welt um eine Lösung dieser Ausbruch. Die Forscher werden auch weiterhin aktualisieren diese Seite mit der modernsten Lösungen.

Notwendigen Plasmide werden durch die Zhang Lab Addgene repository und andere Materialien sind im Handel erhältlich. Details, wie zu erhalten diese Materialien sind beschrieben in dem Protokoll.

Was kommt als Nächstes

Die SHERLOCK-Diagnose-system hat Erfolg gezeigt, die in anderen Einstellungen. Das Forscherteam hofft, dass das Protokoll stellt einen sinnvollen Schritt zur Schaffung eines Systems für die Erkennung von COVID-19 in Proben von Patienten mit einer einfachen Anzeige. Eine weitere Optimierung, Herstellung, Prüfung und Verifikation werden noch benötigt. Alle diagnostischen müssten befolgen Sie alle örtlichen Vorschriften, best practices, und-Validierung, bevor es zu tatsächlichen klinischen Einsatz. Die Forscher werden auch Freigabe-und teilen-Protokoll-updates und willkommen updates aus der community.