UCSC genome browser Beiträge der coronavirus-Genom
Forschung in den Roman Wuhan seafood market Lungenentzündung virus, das „tödliche coronavirus“, das Zwang die chinesische Regierung, in Quarantäne, mehr als 50 Millionen Menschen in das Land der dichten industriellen Kernland, wird erleichtert durch die UC Santa Cruz Genomics Institute. Das Genomics Institute Genome Browser team hat geschrieben das komplett biomolekulare code des virus für Forscher auf der ganzen Welt zu verwenden.
„Wenn wir zeigen coronavirus Daten in der UCSC Genome Browser, es ermöglicht die forschende Blick auf die virus-Struktur und-wichtiger noch-die Arbeit mit es so Sie können erforschen, wie Sie möchten, um es anzugreifen“, sagte UCSC Genome Browser-Ingenieur Hiram Clawson.
Proben des virus verarbeitet wurden in Labors auf der ganzen Welt, und die rohen Informationen über Ihren genetischen code gesendet wurde, um die weltweit repository von genomischen Informationen an den National Institutes of Health ‚ s National Center for Bioinformatics (NCBI) in Bethesda, Maryland.
„Das NCBI ist ein weltweit repository eingerichtet, in den ganz frühen Tagen der Genomik“, sagt Clawson. „Wenn die Leute finden, die neuartige Viren, schicken Sie Sie auf die NCBI, und die NCBI weist Sie einen Namen und eine Nummer, so kann jeder finden, um eine genaue Probe. Sobald Sie bearbeitet habe, die genomischen Informationen, die es zur Verfügung gestellt wird, um die Welt aus der Datenbank.“
Von dort aus ist der UC Santa Cruz Genome Browser verarbeitet die Informationen in eine visuelle Darstellung des virus.
Die NCBI-namens Wuhan seafood market Lungenentzündung virus 2019-nCoV, das steht für neuartige coronavirus entdeckt im Jahr 2019.
UC Santa Cruz abgerufen, die Informationen, die aus 29,903 Nukleotide—die Basenpaare, aus denen die DNA-und RNA-Moleküle Kodieren, die alles Leben auf der Erde.
„Wenn wir das abrufen dieser Daten aus NCBI, es ist eine einzelne Datei, die mit den Buchstaben, die es von der DNA oder RNA (A,C,G und T),“ Clawson sagte. „Dies geschieht, um einzelsträngige RNA, eine relativ einfache Struktur.
Diese Informationen werden verarbeitet und in eine Datenbank, wo die Genom-Browser kann Zugriff auf das material und zeigen Sie es in einem web-browser in ein viel mehr brauchbares format.
„Was macht der Genom-Browser so wertvoll ist, dass es so ist visual“ Clawson sagte. „Es macht sehr deutlich, wo alles ist, also wenn die Leute machen interessante Messungen über das Genom des virus, Sie können sehen, was Sie suchen,“ Clawson sagte.
Forscher können zoom in und aus dem Genom. Dies ermöglicht Ihnen zu sehen, base-Paare auf der detailliertesten Ebene. Oder, Sie den ganzen Weg zu verkleinern und sehen Sie die 10 einzelnen Gene, die 29,903 Basenpaare umfassen.
Der Browser enthält auch eine CRISPR Spur, die Forscher können sehen, wo Sie können splice-das genetische material, und wie Sie schneiden kann. Mit CRISPR, können die Forscher Bearbeiten das genetische material, ein enorm wertvolles Werkzeug für die Bestimmung, welche Gene was tun.
„Im Fall von diesem virus,“ Clawson sagte, „es gibt ungefähr zehn Gene und die größte ist seine spike protein“, bezogen auf die Chemische Wirbelsäule, die das virus verwendet, um die Haken auf menschliche Zellen und entführen Ihre zelluläre Maschinerie, die sich selbst zu reproduzieren. „So könnten Sie eine änderung vornehmen, um zu sehen, wenn es macht das spike-protein mehr oder weniger virulent.“
Der Browser erlaubt es auch, für die annotation, so dass Forscher auf der ganzen Welt zusammenarbeiten können und teilen experimentellen Daten.
Zum anzeigen des coronavirus-Genoms, besuchen Sie bitte: genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=wuhCor1